Do mâu thuẫn của hai phe Việt Minh và Việt Nam Quốc dân Đảng sau bản Hiệp định sơ bộ ngày 6 tháng 3 năm 1946, Chính phủ không còn giữ được sự đoàn kết ban đầu, một số thành viên Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách Mệnh Đồng minh hội mất chỗ dựa là quân đội Tưởng Giới Thạch và do một số bất đồng khác đã lần lượt rút khỏi chính phủ Liên hiệp.

Tháng 7-1946, xảy ra vụ án Ôn Như Hầu, thành viên Việt Quốc - Việt Cách dự định ném tạc đạn vào đoàn diễu binh Pháp ở Hà Nội nhân ngày 14 tháng 7 năm 1946, đây là một hành động thông đồng với Pháp nhằm mục đích đổ cho Việt Minh gây sự phá hoại hòa bình để có cớ đánh Việt Minh. Lực lượng công an xung phong theo ý kiến chỉ đạo của Trường Chinh (Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Đông Dương, khi đó rút vào hoạt động bí mật. Chức danh công khai là Hội trưởng Hội nghiên cứu Chủ nghĩa Mác ở Đông Dương)đã khám xét các cơ sở Việt Nam Quốc dân Đảng và Việt Nam Cách Mệnh Đồng minh hội, bắt giữ thành viên hai đảng này, đồng thời tìm thấy nhiều vũ khí, tài liệu tuyên truyền hiệu triệu chống chính quyền, kêu gọi nhân dân lật đổ Chính phủ. Đặc biệt còn phát hiện các tử thi, phòng tra tấn tại trụ sở các đảng này. Tuy nhiên, Việt Nam Quốc dân Đảng cho rằng Việt Minh dàn cảnh vụ án phố Ôn Như Hầu để bắt giữ các thành viên và "áp đảo dư luận quần chúng và đàn áp luôn Việt Nam Quốc dân Đảng".[22] Sau vụ án này, lãnh đạo Việt Cách là Nguyễn Hải Thần và các thành viên Việt Quốc - Việt Cách thân Tưởng khác trong chính phủ như Nguyễn Tường Tam, Vũ Hồng Khanh đã lưu vong sang Trung Quốc.

Sự kiện này đánh dấu chấm hết cho sự hợp tác giữa Việt Minh do Đảng Lao động Việt Nam lãnh đạo và Việt Quốc, Việt Cách do Trung Hoa Dân Quốc hậu thuẫn, trong công cuộc "kháng chiến kiến quốc" mà chính phủ liên hiệp kháng chiến là biểu tượng. Chính phủ còn hoạt động đến tháng 11 năm 1946 với các thành viên của Việt Minh và một số nhóm khác trước khi chính phủ Liên hiệp Quốc dân được thành lập ngày 3 tháng 11 năm 1946.